Антропологийн хөтөлбөр нь МУИС байгуулагдсан цаг үеэс эхлэн угсаатны зүй гэдэг нэрээр тэргүүлэх судалгаа байв. Антропологийн салбар ухааны үндэс суурь нь угсаатан судлал бөгөөд 1921-1932 онд Судар бичгийн хүрээлэнд ажиллаж байсан эрдэмтэн Жамсрангийн Цэвээн угсаатны судалгааг анхлан хөгжүүлж, “хүн аймгийн судлал” хэмээн тодорхойлж байв. Харин 1950-аад оноос мэргэжлийн угсаатны судлаачид тухайлбал С.Бадамхатан төрөн гарч судалгааны арга зүйг боловсруулж, орчин үеийн угсаатан судлалын суурь тавигдсан юм. Улмаар угсаатны зүйн бүтээлүүд олноор хэвлэгдэж МУИС-ийн судлаачид оролцох болсноор 1989 онд Монгол судлалын лабораторийг МУИС дээр зохион байгуулж, эрхлэгчээр Х.Нямбуу томилогдон ажиллаж, угсаатны судалгааг хөгжүүлж, улмаар 1995 онд угсаатан судлалын тэнхим байгуулжээ. Тус тэнхимийн эрхлэгчээр Г.Цэрэнханд 1998 онд томилогдон ажиллав. Тэнхимийг 2007 оноос Нийгэм соёлын антропологийн тэнхим болгон зохион байгуулж, Л.Мөнх-Эрдэнэ эрхлэгчээр ажиллаж, Вэннэр Грений төслийн хүрээнд хөтөлбөрийг шинэчлэн боловсруулах ажлыг Кембрижийн Их сургуультай хамтрах хийжээ. Улмаар тэнхимийн эрхлэгчийн ажлыг Д.Бум-Очир 2010-2014 онд ажиллаж дээрх шинэчлэлийг гүйцээн хийсэн байна.  Дурдан буй хугацаанд Соросын нээлттэй нийгэм “эрдэм шинжилгээний тэтгэлэгт хөтөлбөр”-ийг тэнхим 2008-2012 онд дээр хэрэгжүүлж, гадаадад магистр, докторын зэрэг хамгаалсан багш нарыг хамруулжээ. Мөн Швейцарын хөгжлийн агентлагийн Ногоон алт төслийн дэмжлэгтэйгээр “Бэлчээрийн МАА, малчдын хамтын ажиллагаа” сэдэвт эрдэм шинжилгээний төслийг 2013-2015 онд, Их Британийн Лондон коллеж их сургуулийн антропологийн тэнхимтэй хамтран “Шинэ эдийн засагт гарч буй оролцогчид” төслийг 2015-2019 онд хэрэгжүүлсэн байна. 2022 оноос Ковидийн дараах Дотоод Азийн малчин, нийгмийн өөрчлөлт төслийг Оксфордын их сургуультай, “Нөөц баялгийн хил хязгаар: хил дамнасан гол мөрөн” төслийг 2023 оноос эхлэн Кембрижийн их сургуулийн Монгол ба Дотоод Азийн судалгааны төв, МУИС-ийн Монгол судлалын хүрээлэнтэй хамтран хэрэгжүүлж байна. МУИС-ийн либерал артад шилжих бүтцийн өөрчлөлтийн үед буюу 2013-2019 онуудад Ц.Цэцэгжаргал тэнхимийн эрхлэгчээр сонгогдон ажиллаж, антропологи, археологийн үндсэн 2 хөтөлбөртэйгөөр үйл ажиллагаа явуулжээ. 2019-2021 оны хооронд Д.Бум-очир, 2021 оноос хойш У.Эрдэнэбат тэнхимийн эрхлэгчээр ажиллаж байна.

Археологийн хөтөлбөрийн үүсэл хөгжлийг Монгол орны түүх соёлын дурсгалыг судлах эрдэм шинжилгээний ажил тухайлбал 1950-иад оны сүүлчээс эхлэн түүхийн мэргэжлийн ангийн оюутнуудад хээрийн танилцах дадлагын хичээлийг тогтмол оруулж өөрийн орны болон олон улсын хамтарсан археологийн хээрийн шинжилгээний ажилд өргөнөөр оролцуулах болсонтой холбож үздэг. Тухайлбал, 1958 онд Архангай аймгийн Хашаат сумын нутаг Хөшөө Цайдамд ажилласан Монгол-Чехословакийн экспедицэд МУИС-ийн оюутнууд оролцон ажиллаж археологийн хээрийн шинжилгээний дадлага хийж эхэлсэн түүхтэй. 1995 оны 11 сард антропологи-археологийн тэнхимийг үүсгэн байгуулж, эрхлэгчээр Д.Түмэн, археологийн багшаар Д.Наваан, тэнхимийн туслахаар Б.Ундрал нар ажиллаж эхэлжээ. Улмаар З.Батсайхан, М.Эрдэнэ, Ш.Уранчимэг нарыг үндсэн багшаар авч археологич-түүхч, түүхийн багш, түүхч-антропологич-түүхийн багш  мэргэжлээр оюутан бэлтгэж эхэлсэн байна. Уг тэнхимийн хөгжилд Европын холбооны дээд боловсролыг дэмжих TACIS хөтөлбөрийн хүрээнд сургалтын хөтөлбөр, хичээлийн агуулгыг Их Британийн Оксфорд, Кембрижийн их сургууль, Дани улсын Оденсийн их сургуультай хамтарч боловсруулан сайжруулсан байна. Ийнхүү анхны төгсөлт хийснээс хойш 10 гаруй төсөл, тухайлбал, “Дорнод Монгол: Археологи-антропологи” (2002-2012), “Монголын эртний нүүдэлчдийн угсаа гарлын залгамж холбоо: Археологи, молекул-генетикийн судалгаа” (2014-2016), Монгол-Английн хамтарсан “Хэрлэн голын сав нутгийн археологи” (2009-2012), Монгол-Германы “Орхон” экспедиц (2015 онд Германы Археологийн хүрээлэнтэй хамтран ажиллах гэрээ байгуулж албан ёсны хамтрагч болсон), Монгол-Хятадын хамтарсан “Түйн голын археологийн дурсгалууд” (2018-2019), Монгол-Японы хамтарсан “Монгол дахь Бурхны шашны хожуу дэлгэрэлтийн үеийн (XIII-XVII зуун) Бурхны шашны сүм хийдийн археологи, түүх, шашны судалгаа” (2013-2018),  “Чингисийн далан: Олон улсын хамтын ажиллагаа” (2021 оноос хойш) зэрэг төсөл хэрэгжүүлж байгаагийн зэрэгцээ Монгол улсын “Соёлын өвийг хамгаалах тухай” хуулийн хэрэгжилтийг хангах ажлын хүрээнд захиалагч байгууллагуудтай байгуулсан гэрээгээр археологийн дурсгалыг авран хамгаалах судалгааг гүйцэтгэж судалгааны төслүүдэд бүх шатны оюутан суралцагчид өргөнөөр оролцож байна. Тус тэнхимийн эрхлэгчээр Д.Түмэн ажиллаж байгаад 2013 онд Нийгэм, соёлын антропологийн тэнхимтэй нэгдэж эрхлэгчээр Д.Бум-Очир ажиллах болжээ.

Хүн ам зүйн хөтөлбөр нь 1991 онд батлагдаж,  МУИС-ийн Эдийн засгийн сургууль дээр элсэлтээ авч эхэлсэн байна. Тус хөтөлбөрийн үүсэл хөгжлийг  НҮБ-ын Хүн амын сангийн (НҮБХАС) дэмжлэг, 1992 онд байгуулагдсан Хүн ам зүйн сургалт судалгааны төвтэй (ХАҮССТ) холбож үздэг. Хүн ам зүйч мэргэжлээр дагнасан мэргэжилтэн бэлтгэхэд дээрх хоёр байгууллага ихээхэн дэмжиж оролцсон бөгөөд мэргэжлийн хөтөлбөр, хичээлийн агуулгыг боловсруулан батлуулж, 1996, 1999 онд дотоодын болон олон улсын хөндлөнгийн мэргэжлийн үнэлгээ хийлгэж баталгаажуулжээ. Мөн 2011, 2013 онуудад тус бүр үндэсний болон олон улсын магадлан итгэмжлэлд хамрагдав. МУИС-ийн 2013-2014 оны бүтцийн өөрчлөлт шинэчлэлтийн хүрээнд тус хөтөлбөрийг цуцалсан боловч 2018 онд ахисан түвшний хөтөлбөрийг, 2022 онд бакалаврын хөтөлбөрийг тус тус сэргээсэн байна. Тус хөтөлбөрийн хүрээнд 260 гаруй мэргэжилтэн судлаачдыг бэлтгэж гаргасан бөгөөд Хүн ам зүйн сургалт судалгааны төвөөр дамжуулан хүн ам зүй, нийгэм эдийн засгийн олон судалгаа хийсэн байна. Уг хөтөлбөрийг 2022 онд Антропологи, археологийн тэнхимд харьяалуулж, бүх шаталсан түвшинд оюутан элсүүлж авахаар ажиллаж байна. Тус хөтөлбөр дээр 4 багш, нэг туслах ажилтан ажиллаж байна.